biotyson–Entrez 数据库搜索操作
原文:https://www . geesforgeks . org/bio Tyson-entrez-database-search-operation/
NCBI 提供一个名为 Entrez 的在线搜索系统。这提供了对广泛的分子生物学数据库的访问，并且还提供了支持布尔运算符和字段搜索的集成的全局查询系统。结果是从所有数据库返回的，这些数据库包含诸如点击次数、到原始数据库的链接等来自每个数据库的信息。
使用的功能
Biopython Entrez 配备了两种方法来执行数据库搜索操作:
- Biopython 有一个名为 esearch() 的 Entrez 特定方法来搜索任何一个 Entrez 数据库。它接受位置参数数据库和我们必须搜索的术语。如果分配了错误的数据库，将会产生错误。
语法:
Bio.Entrez. 研究(数据库，术语)
- 要在所有数据库中搜索任何查询，使用 egquery() 方法。它类似于 Entrez.esearch() 方法，除了它只接受跳过数据库参数的术语参数。
语法:
生物学家。输入. egquery(term)
方法
- 导入所需的模块。
- 设置您的电子邮件以识别谁与数据库连接。
- 设置 Entrez 工具参数，默认为 Biopython。
- 使用上面提供的任何具有适当参数的方法。
- 返回的数据将是 XML 格式的，因此要在 python 对象中获取该数据，需要使用 Entrez.read() 方法来读取该对象
- 阅读提供的信息。
下面给出了使用这两种方法的实现:
示例 1: 使用 esearch()
Python 3
# Import libraries
from Bio import Entrez
# Setting email
Entrez.email = 'jeetesh1@yopmail.com'
# Setting Entrez tool parameter
Entrez.tool = 'Demoscript'
# Searching for database
info = Entrez.esearch(db="nucleotide", term="genome")
# reading records
record = Entrez.read(info)
# Showing records
print(record)
输出:
示例 2: 使用 egquery()
Python 3
# Import libraries
from Bio import Entrez
# Setting email
Entrez.email = 'jeetesh1@yopmail.com'
# Setting Entrez tool parameter
Entrez.tool = 'Demoscript'
# Searching for database
info = Entrez.egquery(term="genome")
record = Entrez.read(info)
for row in record["eGQueryResult"]:
print(row["DbName"], row["Count"])
输出:
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