生物节律–序列比对
原文:https://www.geeksforgeeks.org/biopython-sequence-alignment/
序列比对是将两个或两个以上的 DNA、RNA 或蛋白质序列排列在一起，以便特异性地识别它们之间的相似区域的过程。相似性的鉴定提供了很多关于物种间哪些性状是保守的，不同物种在遗传上有多接近，物种如何进化等信息。Biopython 具有广泛的序列比对功能。
阅读序列比对: 生物。Biopython 提供的 AlignIo 用于读写序列比对。生物信息学中有很多格式可以指定序列比对数据类似于序列数据。生物。AlignIO 的原料药类似于 Bio。SeqIO ，唯一不同的是 Bio。SeqIO 处理序列数据，而生物。对齐用于序列数据对齐。以下是下载样本序列比对文件的一些步骤:
- 首先打开浏览器，访问http://pfam.xfam.org/family/browse，可以按字母顺序看到所有 Pfam 家庭。
- 现在选择具有较少种子值的任何家族，因为它包含最少的数据并且易于操作。让我们用 PF18225(http://pfam.xfam.org/family/PF18225)移动一个。
- 点击比对部分，下载斯德哥尔摩格式的所需序列比对文件。
示例:
Python 3
# Import libraries
from Bio import AlignIO
# Creating Sequence Alignment
alignment = AlignIO.read(open("PF18225_seed.txt"), "stockholm")
# Print alignment object
print(alignment)
# Show alignment sequence record
print("Showing Alignment Sequence Record")
for align in alignment:
print(align.seq)
输出:
单字母字母()与 5 行 65 列对齐 仍未完成 qqqltqdlrmpnwslrfvydrnnqdllkrplppgim…【nrk B3 pft 7 _ celju/62-126】【nrk B3 pft 7 _ celju/62-126】【naftertefrtphnvfvldgfeidrelpspva…【nrt k4 kem 7 _ simas/61-125】【mqntpapaiskhdinwlldqrlervv】
显示校准序列记录 【仍未确定 qqqltqdlrmpnwslrfvylvdnkrplppplgivlaprpydkvqdrnrk】 avnaterefterthtwarrnfvldgfeidrelpspdlmrdldrpfkkknrt mqntpapailieskhdinwlldqrgrleqrvpavanqlrsrafrhregp【t】
读取多比对:一般来说，大多数序列比对文件都包含单比对数据，其中 read() 方法足以解析。在多个序列比对的情况下，将两个以上的序列进行比较，以获得它们之间的最佳序列匹配，并得到具有多个序列比对的单个文件。如果序列比对格式有多个序列比对，则使用 parse() 方法代替 read() ，后者返回一个可迭代的对象，可迭代该对象以获得实际的比对。下面给出了一个基本示例:
Python 3
# Import libraries
from Bio import AlignIO
# Parsing Sequence Alignment
alignment = AlignIO.parse(open("PF18225_seed.txt"), "stockholm")
# Show alignment generator
print(alignment)
# Printing alignment
for alignment in alignments:
print(alignment)
输出:
单字母字母()与 5 行 65 列对齐 仍未完成 qqqltqdlrmpnwslrfvydrnnqdllkrplppgim…【nrk B3 pft 7 _ celju/62-126】【nrk B3 pft 7 _ celju/62-126】【naftertefrtphnvfvldgfeidrelpspva…【nrt k4 kem 7 _ simas/61-125】【mqntpapaiskhdinwlldqrlervv】
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