生物节律–顺序操作
原文:https://www . geesforgeks . org/bio Tyson-sequence-operations/
【bio ython】模块提供了各种内置方法，通过这些方法我们可以对序列执行各种基本和高级操作。基本操作与切片、拼接、查找、计数、剥离、拆分、等字符串方法非常相似。下面列出了一些高级操作
*补体和反向补体:*bio ython 提供了补体()和反向 _ 补体()功能，可以用来寻找给定核苷酸序列的补体，得到新的序列，而被补足的序列也可以被反向补足，得到原始序列。下面是所描述函数的一个简单示例:
*句法*:补语(自)
*返回类型* : <类‘生物’。序列'>
Python 3
# Import Libraries
from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet import IUPAC
# Creating sequence
seq = Seq('CTGACTGAAGCT', IUPAC.ambiguous_dna)
# Creating complement of the sequence and print
comp = seq.complement()
comp
# Creating reverse complement and print
rev_comp = comp.reverse_complement()
rev_comp
*输出:*
Seq('GACTGACTTCGA', IUPACAmbiguousDNA())
Seq('TCGAAGTCAGTC', IUPACAmbiguousDNA())
在上例中，complex()方法创建了 DNA 或 RNA 序列的补码，而reverse _ complex()函数创建了序列的补码，并将结果从左向右反转。
*生物。biopython 的*模块提供了二义性 _ dna _ 补体变量，用于执行补体操作。
Python 3
# Import libraries
from Bio.Data import IUPACData
import pprint
# Printing the dataset
pprint.pprint(IUPACData.ambiguous_dna_complement)
*输出:*
{
'A': 'T',
'B': 'V',
'C': 'G',
'D': 'H',
'G': 'C',
'H': 'D',
'K': 'M',
'M': 'K',
'N': 'N',
'R': 'Y',
'S': 'S',
'T': 'A',
'V': 'B',
'W': 'W',
'X': 'X',
'Y': 'R'}
*GC 含量(鸟嘌呤-胞嘧啶含量):* GC 含量基本上是 DNA 或 RNA 分子中含氮碱基的百分比，这种分子或者是鸟嘌呤，或者是胞嘧啶。可以通过计算 GC 核苷酸数除以核苷酸总数来预测。以下是计算气相色谱含量的基本示例:
*语法* : Bio。顺序气相色谱
*返回类型* : <类【浮动】>
Python 3
# Import Libraries
from Bio.Seq import Seq
from Bio.SeqUtils import GC
from Bio.Alphabet import IUPAC
# Creating sequence
seq = Seq("CTGACTGAAGCT", IUPAC.unambiguous_dna)
# Getting GC count
print(GC(seq))
*输出:*
50.00
*转录:*基本上是将一个 DNA 转化为一个 RNA 序列的过程。实际的生物转录是一个进行反向互补(GACT - > AGUC)以获得以脱氧核糖核酸为模板链的基因的过程。在生物节律中，通过简单地将字母 T 改为 U ，碱基 DNA 链直接转化为 mRNA。下面给出了一个简单的例子:
*语法*:转录(自)
*返回类型:* <类‘生物’。>T2
Python 3
# Import Libraries
from Bio.Seq import Seq
from Bio.Seq import transcribe
from Bio.Alphabet import IUPAC
# Creating sequence
dna_seq = Seq("CTGACTGAAGCT", IUPAC.unambiguous_dna)
# Transcription to RNA
print(transcribe(dna_seq))
# Reverse Transcription to DNA
rna_seq = transcribe(dna_seq)
print(rna_seq.back_transcribe())
*输出:-*
Seq('CUGACUGAAGCU', IUPACUnambiguousRNA())
Seq('CTGACTGAAGCT', IUPACUnambiguousDNA())
*翻译:*是将 RNA 序列翻译成蛋白质序列的过程。序列模块内置了用于此目的的 translate() 方法。如果我们必须在第一个密码子停止翻译，可以通过将 to_stop = True 参数传递给 translation()方法。
Biopython 使用 NCBI 遗传密码页面提供的翻译表。翻译表完整列表如下:
*语法 : translate(self，table='Standard '，stop_symbol=' '，to_stop=False，cds=False，gap = '-') Return Type:
Python 3
# import libraries
from Bio.Data import CodonTable
# Creating table
table = CodonTable.unambiguous_dna_by_name["Standard"]
# Print table
print(table)
*输出:*
Table 1 Standard, SGC0
| T | C | A | G |
--+---------+---------+---------+---------+--
T | TTT F | TCT S | TAT Y | TGT C | T
T | TTC F | TCC S | TAC Y | TGC C | C
T | TTA L | TCA S | TAA Stop| TGA Stop| A
T | TTG L(s)| TCG S | TAG Stop| TGG W | G
--+---------+---------+---------+---------+--
C | CTT L | CCT P | CAT H | CGT R | T
C | CTC L | CCC P | CAC H | CGC R | C
C | CTA L | CCA P | CAA Q | CGA R | A
C | CTG L(s)| CCG P | CAG Q | CGG R | G
--+---------+---------+---------+---------+--
A | ATT I | ACT T | AAT N | AGT S | T
A | ATC I | ACC T | AAC N | AGC S | C
A | ATA I | ACA T | AAA K | AGA R | A
A | ATG M(s)| ACG T | AAG K | AGG R | G
--+---------+---------+---------+---------+--
G | GTT V | GCT A | GAT D | GGT G | T
G | GTC V | GCC A | GAC D | GGC G | C
G | GTA V | GCA A | GAA E | GGA G | A
G | GTG V | GCG A | GAG E | GGG G | G
--+---------+---------+---------+---------+--
下面给出了一个简单的翻译示例:****
Python 3
# Import Libraries
from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet import IUPAC
# Creating sequence
rna = Seq('UACCGGAUUGUUUUCCCGGGCUGAUCCUGUGCCCGA', IUPAC.unambiguous_rna)
print(rna)
# Translating RNA
print(rna.translate())
# Stop translation to first stop codon ( asterisk '*' is stop codon)
print(rna.translate(to_stop = True))
*输出:*
Seq('UACCGGAUUGUUUUCCCGGGCUGAUCCUGUGCCCGA', IUPACUnambiguousRNA())
Seq('YRIVFPG*SCAR', HasStopCodon(IUPACProtein(), '*'))
Seq('YRIVFPG', IUPACProtein())
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