使用 pydicom 和 matplotlib 查看 DICOM 图像
原文:https://www . geeksforgeeks . org/view-DICOM-images-using-pydicom-and-matplotlib-2/
先决条件:T2【马特洛特利
DICOM 代表医学中的数字成像和通信。引入 DICOM 文件是为了保持不同类型医学图像模式的一致性。它是查看、存储、共享和检索医学图像的标准格式。
Python 提供了一个强大的模块 pydicom 来处理医学图像、报告和放射治疗对象等 dicom 文件。 pydicom 读取、修改和写入 dicom 文件中的数据。
装置
在命令提示符下运行以下命令:
pip 安装 dicom
pip install matplotlib
pydicom 使我们能够处理 dicom 文件，在本文中我们将讨论使用 pydicom 和 matplotlib 查看 DICOM 文件的机制。为了读取 DICOM 文件，我们使用 pydicom 包，为了查看结果，我们使用 matplotlib。
给定输入
存储 dicom 文件的路径作为参数传递给 data_manager.get_files 方法。
将 pydicom 与 matplotlib 一起使用
解释:
- 导入模块
- 使用py DICOM . data . data _ manager . get _ files()方法读取 DICOM 文件
语法:
py DICOM . data . data _ manager . get _ files(base，pass_dicom)[0]
参数:
- Base : 是以字符串形式递归搜索的基目录。
- 模式:默认为“*”。这是一个字符串模式，用于过滤文件。
- 提供两个参数:基础和模式
- 将数据显示为图像，即在 2D 常规栅格上。
- 显示图像
注意:在变量名库中输入除文件名以外的 dcm 文件的位置，在 pass_dicom 变量中输入文件名。在这种情况下，文件存储在一个名为 dicom_image 的目录中，如图所示:
从这里下载 dcm 文件，重命名为:1-12.dcm
将地址栏中显示的路径与变量 base 和 pass_dicom 中存储的值进行比较
程序:
Python 3
```py import matplotlib.pyplot as plt import pydicom import pydicom.data
Full path of the DICOM file is passed in base
base = r"C:\Users\Ajit Gupta\Documents\dicom image" pass_dicom = "1-12.dcm" # file name is 1-12.dcm
enter DICOM image name for pattern
result is a list of 1 element
filename = pydicom.data.data_manager.get_files(base, pass_dicom)[0]
ds = pydicom.dcmread(filename)
plt.imshow(ds.pixel_array, cmap=plt.cm.bone) # set the color map to bone plt.show() ```
输出:
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